괌 부근에서 미군의 원자력 잠수함이 실종되는 사고가 일어났다. 구조대는 그곳에서 고지라를 목격하지만, 방위군은 고지라에 대한 대비를 소홀히 하며 낙관적인 자세를 견지하고 있었고, 50년전의 고지라 상륙시 양친을 잃은 타치바나 준장은 그런 방위군의 모습에 우려를 느꼈다. 같은 무렵, 일본 각지에서 괴수에 의한 것으로 보이는 괴사건이 일어난다. 우연히 이 사건...