뉴욕시. 돌연변이 닌자 거북이들은 생애 최대의 전투를 겪는다. 그 상대는 무시무시한 닌자 집단 풋 일족과 그 두령 슈레더, 그리고 외계인 군단 장군 크랭이다. 이 모든 것은 지구 정복에 가장 큰 방해가 되는 두 장애물을 일거에 제거하기 위해 차원 이동을 실행한 크랭의 함정이었으니…. 고담시. 이미 펭귄, 킬러 크록, 라스 알 굴 등 배트맨이 물리쳐야 할 ...