치명적인 바이러스가 퍼진 세상에서 토마스와 동료들은 면역을 가진 아이들을 실험하는 조직 위키드에 맞서 붙잡힌 친구들을 구하려 한다. 수송 열차를 습격해도 민호를 찾지 못하자, 토마스는 그가 조직의 본거지인 최후의 도시로 옮겨졌다는 사실을 알게 된다. 안전한 곳으로 떠나라는 만류를 뿌리치고 뉴트와 프라이팬이 동행하지만, 도시로 가는 길에는 감염자와 무장 병력...