60년대 초반 일본의 바닷가 마을, 항구가 보이는 언덕에서 코쿠리코 하숙집을 운영하는 열여섯 소녀 우미는 바다에서 돌아가신 아버지를 생각하며 매일 아침 안전한 항해를 기원하는 깃발을 올린다. 그 깃발을 매일 바다 위에서 바라보는 열일곱 소년 슌. 한편 낡은 것을 모두 부수고 새로운 것으로 바꾸자는 사회적인 움직임과 함께, 우미의 고등학교에서도 오래된 동아리...