토레자 헌터 후지토 타쿠야는 인도네시아 인판트섬의 거대한 알에 관한 수수께끼를 풀기 위해 파견되었다. 그 알은 지구생명체를 지키는 수호신 모스라의 알이었고, 바트라와의 전투가 임박했다. 알에서 모스라가 부화하고, 고지라, 모스라, 바트라의 3대 괴수 전투가 벌어졌다. 결국 바트라는 고지라를 안고 바다로 떨어졌고, 모스라는 코스모스와 함께 지구생명체의 메시지...