스페이스 고지라를 물리치고 1년 뒤, 고지라와 리틀 고지라가 살던 버스 섬이 갑자기 소멸하고 둘도 모습을 감춘다. 얼마 안 지나 몸이 불타오르는 고지라가 홍콩에 나타난다. 버스 섬이 폭발하면서 그 지하에 있던 천연 우라늄의 영향으로 고지라 체내가 불안정하게 변해 언제 핵폭발할지 모르는 상태가 된 것임이 판명된다. G-FORCE는 슈퍼 X-3 등을 동원하여 ...