고교 1학년 겨울, 스즈미야 하루히가 이끄는 SOS단원들은 전과 다름 없는 평범한 일과를 보내며 다가오는 크리스마스에는 부실에서 전골 파티를 열 계획을 세우고 있었다. 하지만 12월 18일 아침, 평소의 등굣길에서 쿈은 감기에 걸린 같은 반 타니구치와의 대화가 이상하게 어긋나는 것에 위화감을 느끼는데, 교실에 들어가니 독감이 유행이라며 많은 사람이 콜록대고...