로이드와 카이, 니야, 쟌, 콜, 제이는 평범한 학생이지만 방과 후에는 뛰어난 닌자가 되기 위해 스핀짓주 훈련을 받는 닌자들이다. 마침내 실력을 발휘할 기회가 찾아왔으니, 악당 가마돈이 닌자고 시티를 쳐들어온다. 하지만 가마돈이 바로 리더 로이드의 아빠였던 것! 여기에 최강 보스 고양이 악당 ‘야옹스라’까지 닌자고 시티의 평화를 위협하는데… 로이드와 친구들...