광산촌 슬랙 계곡의 기계 견습공인 고아 소년 파즈는 어느날 빛이 나는 목걸이를 한 채 하늘에서 떨어지던 소녀시타를 구해준다. 소녀는 대대로 전해져 오던 목걸이(비행석)로 인해 정부군과 해적 도라 일당들에게 쫓기고 있던 신세. 시타가 이들로부터 무사히 도망갈 수 있게 도와주던 중 파즈는 비행석과 하늘에 떠 있는 성 라퓨타가 실제로 존재한다는 사실을 알게 된다...