마다가스카를 떠나 뉴욕으로 돌아가려던 알렉스와 마티, 멜먼, 글로리아는 펭귄들이 고친 낡은 비행기에 몸을 싣는다. 그러나 기대에 부푼 비행은 오래가지 못하고, 네 친구는 동물원에서만 꿈꾸던 아프리카의 드넓은 야생에 불시착한다. 알렉스는 헤어진 가족과 재회하고, 마티는 자신과 똑같은 얼룩말 무리를 만나며 각자 새로운 생활에 들뜬다. 멜먼과 글로리아에게도 낯선...