몬테카를로에 잠시 다녀온다더니 영영 무소식인 펭귄일행을 기다리며 아프리카에서 하루하루 고향 뉴욕에 대한 향수에 취해있는 ‘알렉스’(사자), ‘마티’(얼룩말), ‘멜먼’(기린), ‘글로리아’(하마). 결국 뉴욕행을 결심하고, 함께 돌아가기 위해 펭귄 일행을 찾아 몬테카를로로 향한다. 하지만 펭귄 일행과 만나기가 무섭게 동물 통제 관리국 ‘캡틴 듀브아’에...