메트로시티의 막강 라이벌 메트로맨과 메가마인드! 도시의 영웅 메트로맨과 달리 슈퍼 악당 메가마인드는 모든 사람들이 두려워하는 대상. 그러던 어느 날... 꼭 한번 메트로맨을 이기고 싶었던 메가마인드는 회심의 일격을 가하고 얼떨결에 메트로맨을 제거하는데 성공한다. 하지만 승리의 기쁨도 잠시! 앙숙이자, 숙적이자, 자신을 대적할 유일한 상대였던 메트로맨이 사라...