여행 중, 포켓몬 트레이너 「린」을 만난 지우 일행은 시합으로 지친 포켓몬을 쉬게 하려고 가장 가까운 포켓몬센터가 있는 마을로 향한다. 마을의 이름은 그린필드. 마음에 평안을 주는 녹색의 리조트 지대였을 터이지만... 그린필드 거대한 집에서 혼자 살고 있는 소녀 「미이」. 어느 날 밤 행방불명 된 아버지 「쉬리」가 남긴 기묘한 문자의 카드를 나열하던...