2012년 12월 도쿄. 해질녘까지 남아 이야기를 나누던 카미나 아야토와 미시마 하루카. 그들이 있는 교실에 편지를 손에 숨긴 아사히나 히로코가 들어온다. 하루카는 가족들과 만나 도쿄를 벗어난다. 그때, 기묘한 돔 형태의 반구가 나타나 도쿄를 뒤덮는다. 아야토의 상태가 걱정되는 하루카는 아야토의 이름을 부르짖지만 이미 도쿄는 격리되어버렸다. 그로부터 3년 ...