「신이 6일 만에 세계를 창조했다면 나는 60분 만에 그것을 파괴하고 낙원을 창조할 것이다.」 갑자기 모습을 드러낸 수수께끼의 사나이 에스/ 가면라이더 에덴은 동참하는 수천 명의 신자들과 함께 전 세계 동시다발 테러를 일으킨다.사람들이 차례차례로 쓰러져, 온 세상이 혼란에 빠지는 가운데, 에스를 멈추기 위해 일어서는 히덴 아루토. 후와 이사무, 야이바 유...