고대 일본의 아라시카게라는 가문의 후계자 스톰 섀도 를 구한 뒤 그 가문으로 들어간 스네이크 아이즈는 코브라라는 테러리스트 그룹에 맞서는 전투에 합류한다. 자신의 한계를 밀어붙이는 스네이크 아이즈는 궁극의 전사가 되지만, 과거의 비밀이 수면 위로 드러나자 그의 명예와 충성심이 시험에 들게 된다. 그것이 그가 싸워 온 모든 것을 잃게 된다해도 말이다....