하와이에 불시착한 줌바 박사의 실험용 외계 생물체 626호는 지구인 친구 릴로를 만나 스티치라는 이름을 얻고 이제는 지구에서 릴로와 나니, 데이빗, 그리고 사회복지사 코브라 버블스와 함께 살고 있다. 그러던 어느 날, 줌바 박사가 만든 또 다른 외계 생물체 625호가 스티치를 찾아온다. 한편 스티치를 잡기 위해 줌바 박사가 만든 221호도 커다란 해일을 일...