천년 퍼즐을 완성시켜 '어둠의 유우기'라는 또 다른 인격을 깨운 무토우 유우기. 카이바 코퍼레이션의 사장으로서 듀얼리스트의 정점에 군림한 카이바 세토와 동료들과의 수많은 사투를 벌였지만, 과거의 인연으로, 또 다른 자신과의 싸움을 피하지 못하고, 유우기와 어둠의 유우기는 마침내 결별하고 각자의 길로 떠나게 되었다. 그렇게 어둠의 유우기와의 마지막 듀얼을...