가난에 찌든 으스스한 마을에서 태어난 난쟁이‘톰썸’톰은 빈곤하게 살아가는 부모님의 삶 속에서 새로운 희망으로 커가고, 아버지는 불쌍한 톰을 위해 버려진 인형의 가구며 옷가지를 찾아 썩어가는 도시의 거리를 배회한다. 그러나 신기한 난쟁이가 태어났다는 소식에 정부에까지 들어가게 되고 정부 관리들에 의해 붙잡힌 톰은 기형아와 돌연변이를 연구하는 실험실에 갇히게 ...