때는 2002년, 세계 최초의 해저 열차인 마린 익스프레스는 개통을 앞두고 시범 운행에 들어간다. 미국 로스앤젤레스에서 출발한 열차는 태평양을 횡단해 일본 도쿄로 향한다. 열차에는 설계자 '나젠코프' 박사와 임시 기장인 아들 '록 나젠코프', 미국과 일본의 고위 공직자 등이 탑승했는데, 그중에는 사립 탐정 '반 슌사쿠'도 있었다. 살인범을 추적하던 그는 해...