1949년, 고질라가 사가미만 깊은 바닷속으로 가라앉은 지 2년이 흘렀다. 폐허가 된 일본은 고통스러운 재건 끝에 조금씩 일상을 되찾아 가고, 특공대 출신 조종사였던 시키시마 코이치도 노리코와 결혼하여 입양한 딸 아키코와 함께 소박한 행복을 꾸려 간다. 그러나 힘겹게 얻어낸 평화는 오래가지 않는다. 마쓰모토 시에 정체불명의 용을 닮은 괴수가 나타나 폭풍 같...