서기 2045년. 새로운 마크로스급인 7번함 마크로스 7을 중심으로하는 제37차 초장거리 이민선단은 또다른 이민행성을 찾아 은하를 떠돌고 있었다. 그러던 중, 정체불명의 적 바로타군의 기습을 받게되고, 그들은 '스피리치아'라고 부르는 생명 에너지를 흡수해간다. 스피리치아를 빼앗긴 사람들은 살아갈 의지 그 자체를 잃어버리게 되고 종국에는 생명활동마저 정지되고...