在孤儿院长大的男高中生·上终瓜生，以考上京都大学医学系并成为医生为目标奋斗着。有一天，他被通知自己到了需要离开孤儿院去别家借住的年纪，因而寄住到了远方亲戚家的“甘神神社”。本来只是想要一个能念书的环境，没想到借住的条件竟然是“入赘继承神社”！而结婚的候补对象就是神社的巫女三姐妹！冒失单纯的甘神夜重、态度尖锐的甘神夕奈、早熟的甘神朝姬。与个性迥异的三姐妹相处，让瓜生的生活变得波澜万丈。等待他们的究竟...