지로는 동물과 대화할 수 있는 능력을 가진 소년으로, 할아버지에게 길러져 닌자로서 훈련받았다. 다른 사람들에게 외면당한 그는 동물들에게서 위안을 얻고 그들을 보호한다. 어느 날, 그는 부상당한 검은 고양이 라고를 구하지만, 그것이 단순한 고양이가 아닌 모노노케, 즉 정체불명의 조직에게 쫓기는 영혼임을 알게 된다. 지로는 망설임 없이 그를 돕기로 결심한다....