태양계 멸망 후 천 년이 흐른 지금. 사람들은 시도니아라 불리는 인공 방주를 타고 우주를 떠돌고 있다. 동시에 시도니아를 노리는 우주 괴생물체 가우나로 인해 살아님은 인류는 매일을 생존의 위협을 받는 상황. 그때 지하 세계에서 할아버지와 살았던 타니카제는 쌀을 훔치기 위해 지상으로 나왔다가 붙잡히고 만다. 취조를 받는 상황, 그때 누군가가 나타나 신변보호를...