3명의 히어로 고버스터즈와 그들의 파트너인 버디로이드. 그들밖에 할 수 없는 지구를 지키는 사명="특명"을 지닌 그들의 운명적인 싸움이 시작된다! 격전의 무대는 지구, 일본과 닮은 다른 세계. 13년 전의 사건이 모든 것의 발단이 되었다. 우연히 생겨난 버그와도 같은 프로그램이 전송 연구센터의 메인 컴퓨터를 점거하여 폭주를 시작했다. 버그는 어찌어찌 건...