매립지 위에 세워진 스고모리 시. 일전에 미래형 도시로 번성했던 이곳에 살고 있는 고등학생 아가타 카츠히라는 고통을 느끼지 못하는 특이체질이다.여름 방학을 앞둔 어느 날, 카츠히라는 수수께끼의 소녀 소노자키 노리코의 안내에 따라 고통을 공유하는 '키즈나이버'의 일원이 된다. 이렇게 키즈나이버로 연결된 반 친구들. 그러나 그들은 제각각 다른 그룹에 속한 이질...