구름 아래 땅에는 닌자 사부와 히로, 스즈메, 푸도, 슌, 도라, 구노치라는 미니 닌자들이 살고 있다. 히로는 동물과 합체하는 능력, 스즈메는 마법의 플루트, 구노치는 꿈을 통해 미래를 볼 수 있는 능력 등을 갖고 있다. 한편, 이들에게 맞서는 악당인 아시다의 요새엔 손녀, 쇼코와 하인인 키츠네가 함께 산다. 아시다와 쇼코는 동물을 사무라이로 변신시킨 후...