어릴 적부터 인간이 아닌 것들, 다시 말해 '요괴'를 보아온 소년 나츠메 타카시. 부모님이 사고로 돌아가신 후 친척집을 전전하며 살아온 나츠메는 그 특이한 체질 때문에 주위의 사람들로부터 경원시당해 왔다. 고등학생이 된 나츠메는 한적한 시골 마을에 위치한 후지와라 부부의 집에 맡겨지고, 자신을 친자식처럼 따뜻하게 맞이해 준 이 부부에게만큼은 요괴를 볼 수 ...