샤아의 반란이 끝나고 3년 후, 세상은 겉보기에는 평온을 되찾은 모습이었다. 그러던 어느 날, 공업 스페이스 콜로니 인더스트리얼7에서 사는 소년 버나지 링크스는 자신을 오드리 번이라 자칭하는 정체불명의 소녀와 만나게 된다. 그녀는 비스트 재단과 네오지온 잔당군 소데츠키가 일으킨 라플라스의 상자 거래를 막는 것이 목표라고 하며 행동을 계획한다. 그리고 그런 ...