눈물을 흘리는 마리아상, 신도의 육체에 떠오르는 성흔. 세계 곳곳에서 일어난 '기적'이라 불리는 여러 현상은 진실인가, 속임수인가. 그 진위를 조사해 판별하는 것이 바티칸에 소속된 기적 조사관의 임무이다.천재적인 두뇌를 가진 히라가, 고문서 및 암호해독을 맡은 로베르토. 강한 신뢰관계에 묶여있는 두 사람은 조사를 하러 방문한 곳에서 기괴한 사건에 휘말리면서...