어느 날 정체 불명의 미사일 공격으로 도쿄 도심과 임해부도심을 잇는 레인보우 브릿지가 폭파되는 사건이 발생한다. 포상휴가 도중 소집된 경비부 특차 2과 패트레이버 중대는 이 사건에 '그레이 고스트'가 사용되었음을 밝혀낸다. '그레이 고스트'는 보이지 않는 전투 헬기로 사건이 일어나기 3일 전 강탈당한 상태로 헬기의 조종사는 여성자위대로는 처음 전투헬기 조종...