일본의 전국시대. 요괴는 인간계를 점령하려 하고, 이들과 싸우는 닌자들이 있었다. 츠루히메를 필두로 하는 다섯명의 닌자들은 전설의 삼신장에게서 '봉인의 문'을 받아 그 안에 요괴의 총대장 누라리횬과 요괴에너지를 봉인 해낸다. 그로부터 400년 후, 전설적인 닌자 사루토비 사스케의 자손인 '사스케'와 키리가쿠레 사이조의 자손인 '사이조'는 닌자임을 숨기고 평...